军、旅、营都需要配备参谋官，由相应级别的军官担任，譬如说军一级的参谋官，必须由副总兵担任，其作用相当于监军，或者说几百年之后的政委。

军官的配置方面，严格要求，不得突破，每一军配备两名副总兵，六名到十名参将，三十名到五十名游击将军，游击将军以下的军官，按照原有的编制，不予变动。

郑锦宏依旧为郑家军的总兵，统领整个的郑家军，名义上领导郑家军的调查署。

南直隶的第一军，由刘泽清直接指挥，洪欣贵出任总参谋官，山东的第二军，由杨贺直接指挥，王允成出任总参谋官，陕西的第三军，由洪欣涛直接指挥，郑凯涛出任总参谋官。

内心里面，郑勋睿还是很想彻底打破大明军队之建制，重新来进行编制的，不过目前的时机不是特别的成熟，再说郑家军的将士，也不一定能够接受几百年之后的那些称呼，而且在郑勋睿的内心，还是有着浓厚的情节，那就是他率领的军队，将成为全世界的楷模，他所决定的军队的建制，逐渐完善之后，将成为全世界军队效仿的榜样。

郑家军的建制编制完成之后，搬迁到南京秣陵镇的讲武堂，开始了又一轮的培训，这一次的培训，郑家军所有的军官都要分批次的参与，培新的时间不长，每一期五天左右，重点就是讲解郑家军的建制之变化，以及由于这个变化带来的一系列的变动。

这一次的讲武堂培训，郑勋睿亲自给郑家军的总兵、副总兵、参将以及游击将军授课，他授课的重点，一方面是讲解重新编制郑家军建制的重要性，另外一个方面就是重点讲解参谋官的重要作用了，参谋官不仅仅是承担监军的职责，还要负责军纪军规、思想动员等方面的事宜。

按说参谋官由文官出任是最好的，但目前的条件尚不成熟。

郑勋睿非常严厉的强调了一件事情，那就是郑家军是一个整体，虽然根据地域形势的不同，分为第一军、第二军和第三军，可一旦面临大规模的战斗厮杀，三个军的建制有可能打乱，根据战斗形势的需要临时编制，譬如说第一军有可能指挥第二军辖下的一个到两个旅等等，这样的交叉今后长期存在。

不过这种打乱建制的交叉，需要郑家军的总兵发布命令。

郑家军同时设立总参谋部，总后勤部和总装备部，凌驾于三军之上，总参谋部、总后勤部和总装备部由郑锦宏、徐望华、马祝葵、罗昌洛、李岩等人组成，郑勋睿亲自负责，总参谋部的主要任务就是决定郑家军对外的征伐、作战部署以及军士的招募等等事宜，总后勤部负责协调征伐所需要的粮草以及其他后勤事宜，以及平时的军饷和粮草事宜，总装备部负责火器、战马等等的协调。

郑家军的调查署纳入到总参谋部的领导之下，淮安火器局纳入到总装备部的领导之下，今后的时机成熟了，三总部还将扩充职责。

此次培训引发的震动是很大的，谁都知道，郑家军此次建制的调整，意味着其基本脱离了皇上和朝廷的节制，成立的三总部，其实就是代替了兵部，设立了参谋官，其实是摒弃了朝廷的监军制度。

特别是设立三总部，凌驾于郑家军之上，由郑勋睿直接负责指挥，等同于是郑勋睿从明面上直接掌控了郑家军，而且掌控了一切与郑家军发展有关的事宜，这里面就包括了后勤和装备方面的事宜。

郑家军建制的大调整，虽然说内部通用，暂时不会对外宣布，但朝廷迟早都是要知晓的，如今朝廷大军正在与流寇展开厮杀，郑勋睿在这个时候大规模调整郑家军的建制，一方面有规范郑家军的意图，另外一个方面，也可能是对朝廷大军剿灭流寇的战斗没有多大的信心。

郑家军肯定是要参与到剿灭流寇的战斗之中去的，这一点郑家军的将士都是很清楚的，只不过参与的程度不好说，朝廷之中的纷争，除非是郑家军副总兵以上的军官才可能知晓，也是因为如此，不少的将士对于不能够参与到剿灭流寇的战斗，表现出来了不服气，流寇最为惧怕的就是郑家军。

郑家军游击将军以上的军官，内心都是清楚的，那就是郑家军从规范建制的那一天开始，完全脱离了皇上和朝廷的掌控，开始独自行使职能了。

培训结束之后，郑家军开始了建制的调整，这对于诸多的将士来说影响不是很大，不过各级的军官就需要规范了。

从十月开始，一直到十一月底，郑家军建制的调整全面完成。

建制调整完成之后，郑家军内部的文书来往也进行了规范，总参谋部、总后勤部和总装备部的文书正式开始推行，文书上面由郑勋睿和郑锦宏两人签署名字，这样的文书第一军、第二军和第三军都是无条件的执行，当然文书也就是针对三军的副总兵和参将，身为总兵的郑锦宏，一般情况之下不会单独下达命令，绝大部分的命令都是以三总部为准。